からだは扁平で狭い線状。規則正しい二叉分枝をして先端は尖る。和名のツノムカデは枝の先が角のように二叉に分かれていることによる。短い枝を両縁から羽状に出すことがある。付着器から叢生する。皮層は小さな円形から球形の細胞が密に並び，内皮層に大形の細胞が並ぶ。髄層は糸状細胞からなる。手触りは硬く軟骨質。生体は濃紅色〜オレンジがかった紅色となる。枝の先端は明るい色になることが多い。

ハリガネに似るが切片を見るとハリガネの内部は小さな細胞がつまっているようにみえるのに対し，ツノムカデの内部は糸状細胞である。

高さ：１５〜２０ｃｍ　枝幅：１〜２ｍｍ